Nato nel nord del Brasile, inizia la carriera nel 1985 al Flamengo, col quale vince il campionato brasiliano nel 1987. Nella squadra di Rio de Janeiro Aldair resta quattro anni per poi passare in Portogallo al Benfica. Nel 1990 Dino Viola lo porta alla Roma su consiglio di Eriksson. Nella capitale Aldair resta per ben tredici anni, e si impone come uno dei difensori più forti del mondo, grazie alla sua eleganza ed alla sua classe diventa la colonna portante della difesa romanista e della nazionale brasiliana per più di un decennio. Nella sua prima stagione con la squadra capitolina vince una coppa Italia; negli anni '90 si guadagna la fascia di capitano, alla quale rinuncerà nella stagione 1998/99 per cederla all'allora talento emergente Francesco Totti. L'anno dello scudetto la difesa della Roma è una delle più forti del campionato grazie a Pluto, al connazionale Zago ed al "Muro" Samuel; purtroppo però Aldair dovrà saltare le ultime giornate di quel campionato a causa di un grave infortunio e, dopo la fatidica Roma-Parma sarà costretto a festeggiare con la gamba fasciata.
Coi giallorossi gioca altre due stagioni, cominciando a sentire gli acciacchi dell'età. Al termine della stagione 2002/2003 lascia la squadra capitolina per giocare la sua ultima stagione da professionista in serie B con il Genoa.

La sua partita di addio al calcio, l'AldairDay, fu giocata fra Roma e Brasile, e fra i vari ospiti vi furono alcune fra le più grandi stella della Seleção. "Pluto" Aldair dopo tredici anni di Roma rimane uno dei giocatore più amati in assoluto dal popolo giallorosso, e la maglia col suo numero 6 è stata ritirata dalla società capitolina.

Nel 2012 è stato inserito negli undici giocatori che hanno composto la HALL OF FAME della Roma.
Qui il video a lui dedicato