Cresce calcisticamente nel Flamengo dove gioca per sei stagioni affermandosi come uno dei difensori più forti del campionato brasiliano portandolo a fare il grande salto nel calcio europeo, dove viene acquistato dai tedeschi del Bayer Leverkusen.
In Germania conferma di essere un difensore dalle spiccate qualità tecniche e un senso di posizione non indifferente.
Resta 5 stagioni Al Bayer disputando sempre annate ad alto livello.
Nell'estate 2007 la Roma lo individua come il sostituto di Chivu, passato nel frattempo all'Inter e Spalletti lo inserisce subito tra i quattro della difesa titolare.
Non solo per la provenienza brasiliana, Juan spesso ricorda negli anticipi e nelle movenze un altro grande difensore della Roma, quell'Aldair che militò nella Roma dai primi anni '90 e che è stato uno dei più grandi difensori della storia giallorossa.
Purtroppo anche Juan soffre spesso di problemi muscolari che lo tengono in diverse occasioni lontano dai campi di gioco.
Nella sua ultima stagione alla Roma, poi, con l'avvento della società americana e di Luis Enrique alla guida tecnica, ha diverse incomprensioni con lo stesso allenatore, che gli fanno passare una stagione tribolata, nonostante risulti spesso essere presente nell'undici titolare.