Cresciuto calcisticamente nel Rimini, muove i suoi primi passi importanti niente meno che nella Juventus, squadra con la quale esordisce in serie A.
Viene poi girato in prestito al Bologna, dove non ha difficoltà a trovare subito un posto da titolare.
Torna alla Juve giusto il tempo di aggiudicarsi la Supercoppa Italiana per poi essere ceduto nell'ultimo giorno di calciomercato al Parma.
Passa poi, ancora in prestito, al Brescia dove, dopo un primo periodo di difficoltà, trova ancora il posto da titolare.
Ma è nel 2004 che la sua carriera ha una svolta.
Viene acquistato a titolo definitivo dalla Roma nell'ambito del passaggio di Emerson alla Juventus. Con i giallorossi però non va neanche in ritiro perché ceduto in prestito al Chievo in un altro affare, che porta Perrotta a Roma.
Con i clivensi, nei tre anni di permanenza a Verona, conquista addirittura la storica qualificazione in Champions League.
Nel 2007 finalmente finisce di essere il pezzo di mercato maggiormente prestato per l'Italia e si ferma a Roma.
Con i giallorossi parte quasi sempre da riserva di lusso, ma le sue qualità sono sotto gli occhi di tutti e alla fine di ogni stagione le sue presenze sono molto più numerose di altri più illustri colleghi.
D'altronde le sue peculiarità di ottimo intermediario di centrocampo lo rendono una pendina spesso indispensabile nello scacchiere di Spalletti prima e Ranieri poi.
Con l'avvento della nuova proprietà americana e l'arrivo di un tecnico molto particolare come Luis Enrique, per Brighi alla Roma non c'è più spazio.
E ricomincia il suo peregrinare per l'Italia.