Cresce in patria e della sua bravura se ne accorgono i bravissimi osservatori dell'Udinese, che lo portano in Italia.
Prima Hodgson poi Spalletti lo utilizzano con il contagocce, ma sulle sue qualità sono in molti a scommettere.
Così, una volta ambientatosi ed adattatosi al calcio italiano diventa uno dei registi più dotati del nostro campionato tanto da sortire l'interesse delle squadre più blasonate del campionato.
È l'Inter la squadra che riesce a portarlo via da Udine e nella sua unica stagione giocata all'ombra della Madonnina, Pizarro vince la Supercoppa Italiana, la Coppa Italia e il campionato (assegnato all'Inter d'ufficio dopo la sentenza su calciopoli che ha coinvolto la Juventus).
Nell'estate del 2006 accetta il trasferimento alla Roma dove ritrova il suo allenatore ai tempi dell'Udinese, quello Spalletti che più di ogni altro conosce le qualità del giocatore.
Nella suq prima stagione in giallorosso contribuisce al percorso della Roma in Champions League che dopo 23 anni riesce ad arrivare ai quarti di finale.
In quell'anno vince di nuovo la Coppa Italia, proprio ai danni della sua ex squadra, l'Inter, e poco dopo anche la Supercoppa Italiana, ancora contro la squadra nerazzurra.
Nei cinque anni che passa con la maglia giallorossa, è il leader indiscusso del centrocampo della Roma insieme a Daniele De Rossi: le sue giocate sono sempre sopraffine, ottima visione di gioco, protezione del pallone da fuoriclasse.
Poi qualcosa si incrina nel rapporto con la società.
Il cambio di gestione, passata sotto la cordata americana che prevede l'utilizzo massiccio di giovani e giovanissimi giocatori in prima squadra, irrigidisce le posizioni del talento cileno, tanto da costringerlo ad emigrare in Inghilterra, al Manchester City, dove comunque vince il campionato.
Rientrato dal prestito a Roma, non viene messo a disposizione di mister Zeman, che forse lo avrebbe ben voluto, e viene mandato definitivamente alla Fiorentina.